This skill guides you through …
This skill guides you through complete RNA-seq analysis to identify differentially expressed genes. It covers preprocessing, normalization, statistical testing …
RNA-Seq Analysis能帮你做什么
不说虚话——S9447 交付的是能直接拿去用的成品，不是“AI 能做”的空话。
先给分析框架（市场/竞品/财务），再往里填数——不是一堆数字没结论。
每份分析落到“所以该做什么”，不是正确的废话。
假设、数据来源、计算口径写清楚，老板问得起。
“竞品这块再拆细”——顺着你的问题继续下钻。
真实任务实跑产出
下面是真实任务由 S9447 实际生成的内容节选——不是宣传文案，是它真的干出来的活。
RNA-Seq Analysis · 实跑样例
任务：我这边有6个乳腺癌组织和6个癌旁对照的RNA-seq双端测序fastq数据（Illumina Novaseq，每样本约4000万reads），帮我做差异表达分析并筛出log2FC大于2、padj小于0.05的基因。
# 乳腺癌 RNA-seq 差异表达分析流程
一、数据质控
- FastQC/MultiQC：检查每个样本的碱基质量、GC含量、adapter污染、过度序列
- 若有adapter或低质量碱基，用 fastp/Trim Galore 清洗（Q20/Q30过滤，去除短于25bp的reads）
二、比对与定量
- 参考基因组：GRCh38（GENCODE 注释）
- 比对工具：HISAT2 或 STAR（推荐STAR，速度快、剪接位点检测好）
- 定量：featureCounts（subread包）统计每个基因的raw counts
- 质检指标：比对率（一般应>80%）、样本间相关性（Pearson/Spearman，应>0.9）
三、差异表达分析（R，DESeq2）
```r
library(DESeq2)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(counts, coldata, design = ~ condition)
dds <- dds[rowSums(counts(dds) >= 10) > 0, ] # 过滤低表达基因
dds <- DESeq(dds)
res <- results(dds, contrast = c("condition", "tumor", "normal"))
res <- lfcShrink(dds, coef = "condition_tumor_vs_normal", type = "apeglm")
```
- 筛选：log2FC > 2 且 padj < 0.05（显著上调基因）
- 输出所有结果表格 + 筛选后的基因列表（可用于后续GO/KEGG富集、GSEA）
四、结果可视化
- PCA图：样本聚类是否按tumor/normal分开
- 火山图：标注显著基因（EnhancedVolcano）
- 热图：top 30-50 差异基因（pheatmap）
五、注意事项
- 样本量偏小（n=6 vs 6）：结果需谨慎解读，建议后续用TCGA/GTEx乳腺癌数据交叉验证
- 若批次效应存在（如不同上机批次），可考虑
sva包校正 - 纳入临床信息（ER/PR/HER2状态）可做亚型分层分析
需要我提供完整可运行的pipeline脚本（Snakemake/Shell + R）吗？
三种做法,一比就知道
| 咨询顾问 | 自己拉表 | 萬安云 S9447 | |
|---|---|---|---|
| 价格 | 按项目数万起 | 半天到数天 | $1.99 / 次 |
| 交付周期 | 2-6 周 | 口径容易错 | 分钟级 |
| 独特性 | 改一次一轮流程 | 没人复核 | 按你的任务从零生成 |
| 改稿迭代 | 加钱，走流程 | 反复试错 | 说话就能迭代 |
两步,让它开工
不用碰终端——你只管对 agent 说话,跑命令的活它来。
对你的 agent 说:
对你的 agent 说:
以上 Agent 均可接入萬安云 · OpenAI 兼容接口 · 装好 AIXX 即可调用全部技能
你可能想问
RNA-Seq Analysis怎么安装使用？
三步：终端执行 npx aixxai 安装 AIXX；对您的 AI 说「安装编号 S9447」；交代任务背景与要求，RNA-Seq Analysis即刻开工。
RNA-Seq Analysis多少钱？怎么付费？
$1.99 一次买断（参考价，实际以平台标价为准）——永久使用，无订阅、无月费；该技能由萬安永久维护迭代，更新对已购用户免费。
产出内容能商用吗？
可以。产出为普通数字文件，归购买者使用，可用于商业场景。
数据从哪来？结论可靠吗？
它基于你提供的资料与公开信息做结构化分析；所有假设与口径都会写明，关键结论建议人工复核后再对外使用。
能出图表吗？
可以输出结构化的表格与数据要点（Markdown/HTML），可直接粘进你的报告或 PPT 再美化。
一价买断,没有套路
永久使用 · 无订阅无月费 · 永久维护迭代